1588年，馬德里阿爾卡薩城內(nèi)，國(guó)王接到了西班牙艦隊(duì)?wèi)K敗的消息，讓他非常的憤怒。國(guó)王一怒之下命人把時(shí)間管理局的負(fù)責(zé)人奎瓦斯找來(lái)，想要回到過(guò)去改變戰(zhàn)敗的歷史，奎瓦斯不同意國(guó)王的做法，不肯將改變之法告訴國(guó)王，結(jié)果被國(guó)王關(guān)了起來(lái)嚴(yán)刑逼供。薩爾瓦多接到1809年的一份警報(bào)，得知1812年西班牙第一部憲法拉佩帕的創(chuàng)始人之一的奧古斯汀，在加入阿斯圖坦克亞斯志愿軍反抗拿破侖的統(tǒng)治時(shí)，在梅迪納附近消失了。為了救奧古斯汀，薩爾瓦多派艾米利亞他們前去解救奧古斯汀，而就在此時(shí)薩爾瓦多也接到通知，得知奎瓦斯失蹤了。埃內(nèi)斯托打電話(huà)給奎瓦斯之時(shí)，正好被國(guó)王給接了起來(lái)，國(guó)王并不知道手機(jī)的功能，聽(tīng)到手機(jī)里有人說(shuō)話(huà)，以為奎瓦斯還活著，嚇得馬上讓人毀了那部手機(jī)。按照奎瓦斯手冊(cè)上的記載，國(guó)王帶人從時(shí)間之門(mén)闖進(jìn)了2016年的時(shí)間管理局，然后用手機(jī)聯(lián)系了薩爾瓦多通知他，自己到了時(shí)間管理局。見(jiàn)到了薩爾瓦多，國(guó)王首先向他追問(wèn)現(xiàn)在西班牙的情況，以及后人對(duì)他的評(píng)價(jià)，然后才想起要讓軍艦重新啟航的事情。就在國(guó)王質(zhì)問(wèn)薩爾瓦多戰(zhàn)勝之法時(shí)，國(guó)王的手下找到了讓軍艦戰(zhàn)勝之法，讓國(guó)王又有了改變歷史的沖動(dòng)，薩爾瓦爾多只好努力阻攔國(guó)王，并想要打電話(huà)給首相阻止，可沒(méi)想到卻被國(guó)王給當(dāng)場(chǎng)打死了。國(guó)王將電腦帶回到自己的時(shí)代，指揮在上次軍艦中領(lǐng)導(dǎo)失誤的梅迪納重新作戰(zhàn)，終于改變了歷史讓西班牙艦隊(duì)得勝。艾米利亞他們執(zhí)行任務(wù)回來(lái)后發(fā)現(xiàn)，薩爾瓦多就像沒(méi)出現(xiàn)過(guò)一樣，時(shí)間管理局的負(fù)責(zé)人變成了埃內(nèi)斯托，而他的秘書(shū)也不是安古斯迪亞斯而是艾琳。艾米利亞他們并不知道時(shí)間管理局究竟發(fā)生了什么事，只知道一切都透露著奇怪的跡象，而埃內(nèi)斯托還送給阿隆索一套嬰兒服，讓他們更加疑惑，這才懷疑是有人改變了歷史。改變歷史后，瑪伊特還在世，阿隆索也和艾琳娜有了孩子，胡里安和阿隆索都感覺(jué)特別的幸福。艾米利亞查了一下歷史，發(fā)現(xiàn)一切的改變都源于費(fèi)利佩二世將軍艦戰(zhàn)敗的歷史給改變了，而他還利用時(shí)間之門(mén)，將所有不利于他的歷史都給刪除了，讓西班牙的歷史一片混亂。改變后的西班牙沒(méi)有憲法，還存在著宗教法庭，艾米利亞想要改變這個(gè)事實(shí)，可胡里安和阿隆索他們都因?yàn)楦髯缘膲?mèng)想都在新世界得到了實(shí)現(xiàn)，而對(duì)艾米利亞提出的方案有所猶豫。雖然重新找回了愛(ài)人，可艾琳娜和瑪伊特都生活在宗教的束縛之下，讓胡里安和阿隆索都覺(jué)得特別的不自然。艾米利亞在無(wú)人支援的情況下，一個(gè)人去了1588年當(dāng)眾發(fā)表反對(duì)費(fèi)利佩二世，得到了與費(fèi)利佩二世見(jiàn)面的機(jī)會(huì)。艾米利亞與費(fèi)利佩二世的談判觸怒了他，費(fèi)利佩二世決定燒死艾米利亞，艾琳正好偷聽(tīng)了埃內(nèi)斯托與費(fèi)利佩二世的通話(huà)，于是馬上把這個(gè)消息告訴胡里安他們。在費(fèi)利佩二世對(duì)艾米利亞用刑之時(shí)，胡里安落入了埃內(nèi)斯托的手中，同樣也被他毒打，而就在費(fèi)利佩二世和埃內(nèi)斯托互通對(duì)埃米利亞和胡里安的逼供之時(shí)，阿隆索找到了童年時(shí)的費(fèi)利佩二世，用這個(gè)威脅費(fèi)利佩二世放了艾米利亞他們。在艾米利亞的威脅下，費(fèi)利佩二世同意，讓一切都回到他得知西班牙艦隊(duì)?wèi)?zhàn)敗的時(shí)候，一切又回歸了正軌，薩爾瓦多也依舊坐鎮(zhèn)時(shí)間管理局。艾米利亞履行承諾，回去幫助費(fèi)利佩二世，讓他可以死得有尊嚴(yán)一些。（本季終）