楊燦(朱雨辰 飾)接詩(shī)文回家，他想讓詩(shī)文成為世界上最幸福最快樂(lè)的女人。趁楊燦看孕驗(yàn)報(bào)告書(shū)的時(shí)候，詩(shī)文用手機(jī)打字告訴楊燦，沈莉是真的那敏(王力可 飾)，她的犧牲是組織安排的，這一年一直潛伏在BY集團(tuán)當(dāng)清潔工。楊燦得知這個(gè)消息話都說(shuō)不出來(lái)了，那敏沒(méi)有犧牲讓他如釋重負(fù)。
教授(狄劍清 飾)升級(jí)了之前的病毒，只要把這個(gè)新病毒放進(jìn)TPR系統(tǒng)里，就會(huì)讓電力系統(tǒng)的TTY防御系統(tǒng)癱瘓。火狐(唐宸禹 飾)不放心楊燦，派了兩個(gè)手下跟著去執(zhí)行任務(wù)。
常健安指示利用這次行動(dòng)甩開(kāi)敵人，策反教授。
楊燦帶著他的秘書(shū)“沈莉”、教授和火狐的兩個(gè)手下，五人偽裝成保衛(wèi)部的，混入電力系統(tǒng)機(jī)房。教授找到主機(jī)，插入閃存等待值入病毒。
衛(wèi)鐵軍(張永達(dá) 飾)帶隊(duì)進(jìn)入大樓，混戰(zhàn)中殺死火狐的兩個(gè)手下，楊燦挾持衛(wèi)鐵軍走出大樓，開(kāi)車“逃走”。楊燦擺脫火狐后，帶著教授到約定的地點(diǎn)見(jiàn)到了女兒張玲玲。教授得知了真相。
教授深知只有消滅了綠瑪瑙，他和女兒才能真正的安全。作為綠瑪瑙基金暗夜計(jì)劃的技術(shù)總負(fù)責(zé)人，教授覺(jué)得自己也犯下了不少罪。綠瑪瑙殺害妻子，綁架女兒，還脅迫自己為他們做事，教授覺(jué)得不僅為了復(fù)仇，就是為了贖罪也要把綠瑪瑙一網(wǎng)打盡。他愿意和特戰(zhàn)隊(duì)合作。教授建議借口TTY系統(tǒng)升級(jí)，新研制的病毒無(wú)法破解，然后引誘綠瑪瑙用自己的主網(wǎng)攻擊目標(biāo)，趁機(jī)值入病毒，毀掉他們的系統(tǒng)，獲取他們的內(nèi)部資料，做為他們犯罪的罪證。
綠瑪瑙的會(huì)長(zhǎng)(馬季(俄羅斯) 飾)親自來(lái)中國(guó)督戰(zhàn)。火狐前去接機(jī)。
林指山(陳逸恒 飾)宣布暗夜計(jì)劃實(shí)施，病毒開(kāi)始破解系統(tǒng)。任何知道暗夜計(jì)劃的人都不能離開(kāi)BY集團(tuán)總部大樓。
陸長(zhǎng)風(fēng)(曹克難 飾)做最后的戰(zhàn)前部署。他向大家出示敵人的主犯林指山、藍(lán)雪(繆海梅 飾)和火狐。當(dāng)需要特別保護(hù)人員的照片中出現(xiàn)楊燦、柳詩(shī)文(周庭伊 飾)和那敏時(shí)，隊(duì)員們都長(zhǎng)吁一口氣，原來(lái)之前錯(cuò)怪楊燦了，他和那隊(duì)并沒(méi)有離開(kāi)，一直和大家在一起并肩戰(zhàn)斗。得知那敏沒(méi)有犧牲，厲劍峰的眼眶紅了。
教授值入的新病毒沒(méi)有奏效，因?yàn)殡娏χ行纳?jí)了TTY防御系統(tǒng)。教授建議用綠瑪瑙基金的主網(wǎng)，強(qiáng)行攻入電力系統(tǒng)內(nèi)部。但這項(xiàng)行動(dòng)需要得知電力系統(tǒng)的網(wǎng)絡(luò)密碼。會(huì)長(zhǎng)從火狐那得知林指山的病毒并沒(méi)有攻克TPR系統(tǒng)的防御體系，生氣地撤回了資金資助。林指山急于逼楊愛(ài)萍(馬艷麗 飾)說(shuō)出系統(tǒng)設(shè)置的網(wǎng)絡(luò)密鑰。
詩(shī)文肚子痛，林指山安排藍(lán)雪送她去醫(yī)院檢查。在醫(yī)院，詩(shī)文正好遇到因?yàn)閯诶圻^(guò)度而送來(lái)醫(yī)院的楊愛(ài)萍。詩(shī)文陪楊愛(ài)萍一起回家，發(fā)現(xiàn)林指山正在家里。